Wilayah Hukum Pengadilan Negeri Manokwari meliputi 5 Kabupaten yaitu :
- Kabupaten Manokwari
- Kabupaten Teluk Bintuni
- Kabupaten Teluk Wondama
- Kabupaten Manokwari Selatan
- Kabupaten Pegunungan Arfak
Sedangkan untuk wilayah hukum PHI dan Tipikor meliputi seluruh wilayah Propinsi Papua Barat yang terdiri dari 12 Kabupaten serta 1 kota antara lain :
- Kabupaten Fakfak
- Kabupaten Kaimana
- Kabupaten Manokwari
- Kabupaten Manokwari Selatan
- Kabupaten Maybrat
- Kabupaten Pegunungan Arfak
- Kabupaten Raja Ampat
- Kabupaten Sorong
- Kabupaten Sorong Selatan
- Kabupaten Tambrauw
- Kabupaten Teluk Bintuni
- Kabupaten Teluk Wondama
- Kota Sorong
